La Bandera que identifica los propósitos del Colegio Evangélico Ebenezer, consta de una franja horizontal de color blanco, indicando la pureza de los corazones al creer en el Señor Jesucristo, como Señor y Salvador, en el extremo de ésta franja blanca, hacia el asta de la bandera y ocupando solamente un cuarto del área total de la primera franja, se halla una franja azul rey, y en su centro, una cruz en color rojo.El azul rey indica el vigor, la energía, y firmeza de los principios cristianos, la misión del colegio fundamentada sobre la Palabra de Dios, está inspirada en el color y en el. Infinito del firmamento.
Una cruz en color rojo sobre fondo azul, simétricamente dibujada, recuerda la sangre preciosa del Cordero de Dios derramada en la cruz del calvario, es redención y es acercamiento al Padre celestial.