El Escudo del colegio Evangélico Ebenezer, está entre dos banderas en blanco y azul pálido, en cuyo eextremo se encuentra una cruz en rojo, simbolizando los propósitos evangelisticos del colegio desde su fundación hacer 46 años, en el centro geométricamente se encuentra en la parte superior la Sierra Nevada de Santa Marta , que geográficamente se levanta sobre el municipio de Valledupar, y para el colegio en su escudo simboliza, que hacia la cumbre deben ir las metas del Proyecto Educativo Institucional del plantel, y los pensamientos, de toda la comunidad ebenezerista. en el nombre de nuestro Señor Jesucristo,En su parte inferior se aprecia la Biblia abierta, el eje central de la Institución que marca las pautas de la comunidad Cristiana; la Biblia abierta resalta la promesa: “La Sabiduría viene de Dios” entre dos candelabros que simbolizan la presencia del Espíritu Santo, en los corazones de toda la comunidad educativa del colegio Ebenezer, en todos los tiempos.
Bajo la Biblia, el año en que la Institución inicia sus labores pedagógicas: 1960 y por último un lazo en la parte superior denotando ,que recoge todo una labor académica, que adorna, los corazones de los educandos, fundamentados en una educación bíblica